A harmadik köztársaság legviharosabb történetének főszereplője volt Molnár Lajos. Rövid ideig tartott ugyan a minisztersége, de Bokrost leszámítva nem akadt rajta kívül magyar politikus, akinek a szakértelme mellett elég bátorsága lett volna a megcsontosodott rendszerek – esetében az egészségügy – máig ható megreformálására. Kinevezését 2006. június 9-én vette át. Nevéhez fűződik több nagy vitát kiváltó egészségügyi törvény kidolgozása, amelyek az akkori parlamenti ellenzék és az egészségügyi szakma egy részének heves ellenállását váltotta ki. Minisztersége idején állították fel az Egészségügyi Felügyeletet, törölték el a kötelező kamarai tagságot az egészségügyben. A reform legfontosabb eleméhez, a több-biztosítós modell bevezetéséhez azonban a koalíciós partnernek nem volt kellő bátorsága, ezért 2007. április 6-án lemondott miniszteri tisztségéről. Ezt követően az Országgyűlés honvédelmi és rendészeti bizottságának tagja lett. Miniszteri lemondását követően nem szólalt fel az Országgyűlésben. 2010-ben miniszteri idejéről szóló könyvet adott ki Miért lettem antipatikus? címmel.
Molnár Lajos 2011. március 31-én 18 órakor lesz a Szabad Szellemi Műhely vendége a Tacuba étteremben.